Các hóa thạch cổ nhất đã biết của thực vật có hoa là hóa thạch của Mesangiospermae từ tầng Hauterive của kỷ Creta[6], khoảng 136-130 triệu năm trước.

Các so sánh trình tự ADN chỉ ra rằng Mesangiospermae bắt nguồn vào khoảng 150-140 triệu năm trước (Ma) gần với thời điểm bắt đầu kỷ Creta[7]. Nó là khoảng 25 Ma sau bắt nguồn của thực vật hạt kín, khoảng Trung Jura[8].

Vào khoảng 135 Ma, Mesangioispermae đã phân tỏa ra thành 5 nhóm: Chloranthales, Magnoliidae, Monocots, Ceratophyllales và Eudicots[8]. Nếu người ta gán cấp bậc phân loại cho chúng thì các nhóm này sẽ được chỉ định là cấp lớp. Sự phân tỏa ra thành 5 lớp như thế này có lẽ đã xảy ra trong khoảng 4 triệu năm.

Do khoảng thời gian phân tỏa (khoảng 4 triệu năm) là ngắn ngủi so với độ tuổi của chúng (khoảng 145 triệu năm), nên từ lâu người ta cho rằng 5 nhóm này của Mesangiospermae đã phát sinh đồng thời. Năm 2007, hai nghiên cứu có ý định phân giải các mối quan hệ phát sinh loài giữa 5 nhóm này bằng cách so sánh một lượng lớn trong bộ gen lạp lục của chúng[8][9]. Các nghiên cứu này đồng nhất với nhau về phát sinh loài có thể nhất cho Mesangiospermae. Nó là tương tự như phát sinh loài chỉ ra trên website của Angiosperm Phylogeny Group. Tuy nhiên, kết quả này không được hỗ trợ đủ mạnh. Thử nghiệm tôpô xấp xỉ không thiên vị chỉ ra rằng một vài phát sinh loài có thể khác có xác suất trên 5% là chính xác. Điểm yếu chính của hai nghiên cứu này là chỉ một lượng nhỏ các loài mà ADN của chúng đã được sử dụng trong phân tích phát sinh loài, tương ứng là 45 và 64 trong hai phân tích nói trên[8]. Điều này là khó tránh khỏi, do trình tự bộ gen lạp lục hoàn hảo mới chỉ có được cho rất ít loài thực vật.